地球を襲っていた敵は「ガミラス」と呼ばれる謎の異星人であった。

彼らの惑星とその星系は既に寿命を迎えようとしており、
新たな移住先として地球を狙っていたのであった。

ガミラス人「デスラー総統バンザーイ!デスラー総統バンザーイ!」 ガミラス人は放射能大気の中で生きる種族であるため、 地球の環境改造と、邪魔な人類抹殺を目的として 放射能爆弾を地球に送り込んでいたのであった。 地球を飛び立った宇宙戦艦ヤマトは、 地球から火星までの初のワープを艦体に損傷を受けながらも成功させ 木星では超破壊兵器「波動砲」を使用して浮遊大陸ごとガミラス基地を殲滅した。
さらにヤマトは、冥王星に存在したガミラス前線基地を壊滅させ、 これにより太陽系に存在したガミラスを一掃し、 ついに太陽系の外へと飛び出したのである。 たかが一隻の戦艦、と侮っていたガミラスのデスラー総統も いよいよこれを黙殺するわけにはいかなくなっていた。 デスラーはガミラス屈指の戦士・ドメルをヤマトに差し向けるのであった。 ヤマトを待ち受ける宇宙の狼ドメル
宇宙の墓場である四次元断層での演習中に偶然ヤマトと遭遇したドメルだったが、 ヤマトはイスカンダルのスターシャの手助けもあり、これを取り逃がしてしまう。 −ドメルの日誌− 「本日ヤマトと遭遇   ヤマト侮りがたし」 幾たびかの作戦をことごとくヤマトに破られたドメルは ヤマトに最後の決戦を挑むのであった。
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