| 高校名 | 選手名 | 守備 | 入団先 | |
|---|---|---|---|---|
| 優勝 | 桐生第一 | 正田樹 | 投手 | 日本ハム |
| 準優勝 | 岡山理大付 | 岡本直也 | 投手 | 横浜 |
| ベスト4 | 樟南 | 鶴岡慎也 | 捕手 | 日本ハム |
| 青野毅 | 外野手 | ロッテ | ||
| ベスト8 | 滝川二 | 福沢卓宏 | 投手 | 中日 |
| 中村公治 | 内野手 | 中日 | ||
| 桐蔭学園 | 由田慎太郎 | 内野手 | オリックス | |
| 3回戦 | 静岡 | 高木康成 | 投手 | 近鉄 |
| 智弁学園 | 秦裕二 | 投手 | 横浜 | |
| 2回戦 | 仙台育英 | 真山龍 | 投手 | 西武 |
| 東福岡 | 田中賢介 | 内野手 | 日本ハム | |
| 聖望学園 | 鳥谷敬 | 内野手 | 阪神 | |
| 沖縄尚学 | 比嘉寿光 | 内野手 | 広島 | |
| 徳島商 | 牛田成樹 | 投手 | 横浜 | |
| 1回戦 | 九州学院 | 高山久 | 内野手 | 西武 |
| 佐賀東 | 末永真史 | 外野手 | 広島 | |
| 東邦 | 朝倉健太 | 投手 | 中日 | |
| 岡本浩二 | 投手 | 阪神 | ||
| 比叡山 | 細見直樹 | 捕手 | ヤクルト | |
| 村西哲幸 | 投手 | 横浜 | ||
| 松商学園 | 呉本成徳 | 内野手 | 横浜 |